Artikel 10, Abs. 4 der Emissionshandelsänderungsrichtlinie legt fest, dass die Kommission bis zum 30. Juni 2010 eine Verordnung über den zeitlichen und administrativen Ablauf sowie sonstige Aspekte der Versteigerung erlässt, um ein offenes, transparentes, harmonisiertes und nicht diskriminierendes Verfahren sicherzustellen. Die Versteigerungen sollen so konzipiert werden, dass alle „ETS-Pflichtigen“ einen uneingeschränkten, fairen und gleichberechtigten Zugang und alle Teilnehmer zum selben Zeitpunkt Zugang zu denselben Informationen haben. Die Organisation der Versteigerungen und die Teilnahme daran sollen kosteneffizient sein; unnötige Verwaltungskosten sind zu vermeiden.

Deutschland hat den größten Anteil an der zu versteigernden Zertifikatemenge (derzeitige Schätzung: etwa 20 Prozent). Die Kommission wird bis Jahresende 2009 ihren Rechtsvorschlag vorlegen und die Mitgliedstaaten müssen sich bis spätestens Februar 2010 einig über die Versteigerungs-Verordnung sein. Im Anschluss durchläuft der Rechtstext das weitere Komitologieverfahren inkl. einer dreimonatigen Prüffrist für das EP.

Der Luftverkehr wird ab 1. Januar 2012 in das EU ETS einbezogen. Auch hier wird ein Teil der Zertifikate versteigert (15 % gem. 2008/101/EG, Artikel 3d). Z. Z. wird davon ausgegangen, dass es sich hierbei um eine Menge von etwa 30 Millionen Luftverkehrszertifikaten pro Jahr handeln wird, die in separaten Auktionen an die Luftfahrzeugbetreiber versteigert werden. Die Luftfahrzeugbetreiber können auch die „allgemeinen“ EU ETS Zertifikate ersteigern und zur Erfüllung ihrer Abgabepflicht verwenden. Allerdings gilt dies nicht umgekehrt: stationäre Anlagen dürfen keine Luftverkehrszertifikate zur Abdeckung ihrer Emissionen verwenden.